Het beleg en ontzet van Leiden speelden zich af tijdens de Tachtigjarige Oorlog (1568-1648). Aanvankelijk bleef het stadsbestuur trouw aan de landsheer, koning Filips II van Spanje. Deze benoemde in 1567 de hertog van Alva tot landvoogd over de Nederlanden. Alva nam diverse maatregelen tegen de godsdienstvrijheid en stelde onder andere de Raad van Beroerten in. Hierna koos de stad in juni 1572 de kant van prins Willem van Oranje.

Eerste beleg
In een poging de stad weer onder Spaans gezag te krijgen, sloeg Alva eind oktober 1573 het beleg rond Leiden op met het doel de bevolking uit te hongeren en de stad op die manier tot overgave te dwingen. Kort hiervoor, op 8 oktober was Alkmaar ontzet.
Het stadsbestuur was echter lang van tevoren op de hoogte gebracht van het op handen zijnde beleg en sloeg grote voorraden levensmiddelen in om het beleg te kunnen doorstaan. Eind maart 1574 onderbrak de inmiddels nieuw benoemde landvoogd Requesens het beleg voor de Slag op de Mookerheide (14 april 1574) en ondanks herhaalde waarschuwingen van de Prins van Oranje dat het beleg eventueel zou kunnen worden hervat, besloot het stadsbestuur geen extra levensmiddelen in te slaan. Dit was een grote vergissing, want in de nacht van 25 op 26 mei 1574 keerde Requesens naar de stad terug om het beleg te hervatten.

Tweede beleg en ontzet
Tijdens het tweede beleg zijn 6000 van de 18.000 inwoners omgekomen van de honger en de pest. Om de bevolking moed te geven bood burgemeester Pieter Adriaansz. van der Werff zijn eigen arm aan om de bevolking te eten te geven. De levens-omstandigheden verslechterden zo erg dat het stadsbestuur zelfs overwoog zich over te geven, totdat de (water)geuzen in september 1574 de dijken bij Rotterdam en Capelle aan den IJssel (Schielands Hoge Zeedijk) doorstaken en het polderland overstroomde. Dat het stadsbestuur zich niet overgaf was te danken aan het feit dat zij op de hoogte waren van de ophanden zijnde ontzetting. Willem Cornelisz. Speelman (ca. 1542-1616), luitspeler en organist in de plaatselijke Pieterskerk (later het recht werd toegekend om zich ‘Van Duijvenbode’ te noemen), bood daarom het stadsbestuur zijn duiven aan, zodat het stadsbestuur een briefwisseling kon blijven voeren met de Prins van Oranje in Delft. Op 28 september 1574 ontving men de eerste brief, verzonden door geuzenleider Louis de Boisot. De volgende dag ontving men wederom een brief met de ophandenzijnde actie. Op 17 september 1574 vond de zogenaamde Slag bij Zoetermeer plaats. De Spaanse troepen onder leiding van Valdez waren niet in staat om de dijk in de Voorweg bij Zoetermeer te verdedigen. Op advies van onder andere de Zoetermeerse scheepstimmerman Wolfert Adriaenszoon koos het Geuzenleger onder leiding van Lodewijk van Boisot en De La Garde een route richting Leiden. Magdalena Moons werd heldin van het Leidens ontzet doordat zij Francisco de Valdez zou hebben overgehaald de bestorming uit te stellen. Dit bleek een fatale vergissing, want door een storm stond in de nacht van 2 op 3 oktober 1574 het water rond de stad zo hoog dat de Spaanse troepen vluchtten. Volgens de overlevering was het de kleine weesjongen Cornelis Joppenszoon die in het verlaten legerkamp Schans Lammen (nabij de huidige locatie van zijn standbeeld, voor station Leiden Lammenschans) een ketel met hutspot vond en de burgers berichtte dat de stad was bevrijd. In de vroege ochtend voeren de geuzen over de Vliet de stad binnen met aan boord haring en wittebrood. Als dank voor het heldhaftige verzet dat de stad tijdens het beleg bood, stichtte Willem van Oranje op 8 februari 1575 de Universiteit Leiden. Deze was overigens wel weer opgedragen aan koning Filips II. De hoogheemraad-schappen Rijnland, Hoogheemraadschap van Delfland en Schieland waren allerminst te spreken over de gevoerde tactiek van inundaties en schreven in september 1574 een protestbetoog waarin zij zich beklaagden over de slechte staat waarin het land zich bevond.

Historica Els Kloek van het NWO-Instituut voor Nederlandse Geschiedenis (ING) en het Onderzoeksinstituut voor Geschiedenis en Cultuur (OGC) van de Universiteit Utrecht heeft met een modern leesapparaat in het Nationaal Archief definitief aangetoond dat Magdalena Moons, heldin van het Leidens Ontzet, getrouwd was met belegeraar Francisco Valdez. Deze ontdekking toont het ongelijk aan van historicus Robert Fruin (1823-1899), die eerder concludeerde dat het hier om een mythe ging.
Historici hebben uitvoerig gedebatteerd over de rol en betekenis van Magdalena Moons. Zij woonde volgens de overlevering in Den Haag op het moment dat de Spanjaarden de stad Leiden belegerden. Francisco Valdez, de Spaanse bevelhebber die vanuit Den Haag leiding gaf aan het beleg, raakte verliefd op haar. Toen in de nazomer van 1574 de stad helemaal was uitgehongerd en het einde voor Leiden nabij leek omdat de wind voor de watergeuzen verkeerd stond, speelde Magdalena Moons haar troef uit.
Tijdens een etentje haalde zij Valdez over om de aanval op de uitgehongerde stad uit te stellen. In ruil daarvoor beloofde zij met hem te trouwen. Valdez liet zich overhalen, en dat had hij beter niet kunnen doen, want juist toen kwam er een storm opzetten. Op 3 oktober sloegen zijn manschappen op de vlucht voor het wassende water en kon de geuzenvloot ongehinderd de stad binnen-varen. De discussie onder historici spitste zich onder meer toe op de vraag of Moons en Francisco Valdez ooit met elkaar waren getrouwd. Fruins onderzoek naar het vermeende huwelijk liep op niets uit en hij trok de conclusie dat het hier wel om legende-vorming moest gaan. Daarmee was de zaak afgedaan.

Onleesbare tekst ontrafeld.
Els Kloek heeft nu echter aangetoond dat de twee toch daadwerkelijk getrouwd zijn geweest. In een kopie-extract van huwelijkse voorwaarden van Willem de Bye met Magdalena Moons van 23 oktober 1597 (Brabants Historisch Informatie Centrum te Den Bosch) bleek de tekst achter de naam van de bruid grondig onleesbaar te zijn gemaakt. Met behulp van de Hyperspectral Imager in het Nationaal Archief en digitale bewerking in Photoshop bleek het uiteindelijk mogelijk bijna de volledige doorgehaalde tekst te reconstrueren. De Hyperspectral Imager maakt bij verschillende golflengtes opnames van de tekst, zodat verschillende lagen inkt van elkaar onderscheiden kunnen worden. Er stond: ‘wede wijlen don F[ra]nc[i]sco de Baldees’ waarmee vaststaat dat Magdalena Moons zich in 1597 weduwe van Francisco Valdez noemde. In 1610 vonden zij en haar nieuwe echtgenoot, die een hoge functie bekleedde in het Staatse leger, het niet langer opportuun om aan dat huwelijk met deze Spaanse militair herinnerd te worden, vandaar de doorhaling.